Η άποψή μου είναι ότι για να είναι πιο ξεκάθαρα τα πράγματα πρέπει οι αμοιβές να είναι κατ' αποκοπή.
Κατ' αυτόν τον τρόπο εξαλείφεται το κίνητρο που ανέφερες του "φουσκώματος" του προϋπολογισμού.
Το ίδιο ισχύει όχι μόνο για τον μηχανικό αλλά κατ' αντιστοιχία και για τον μπετατζή, τον σιδερά, τον πλακά κ.λπ..
Με τον τρόπο της κατ' αποκοπής αμοιβής γνωρίζει ο κάθε αντισυμβαλλόμενος τι θα λάβει/πληρώσει, οπότε, τουλάχιστον αυτό το κομμάτι δεν είναι φλου.

Πάντα βέβαια, ο μηχανικός/εργολάβος μπορεί να λαμβάνει και προμήθειες από τα συνεργεία και τα καταστήματα εμπορίας των δομικών υλικών. Το αν θα το κάνει (εις βάρος του εργοδότη) είναι θέμα του καθενός.

Τέλος, θεωρώ ότι το ύψος της αμοιβής ενός συνεργείου δεν αντικατοπτρίζει πάντα την ποιότητα της εργασίας του. Παντού υπάρχουν υπερτιμημένες όπως όμως και υποτιμημένες υπηρεσίες.
Παίζει μεγάλο ρόλο το πόσο καλά μπορεί να πουλήσει κάποιον το προϊόν του (τον εαυτό του) ή ακόμα και το τι ιδέα έχει για τον εαυτό του, είτε προς τα άνω είτε προς τα κάτω.